لم يُعمر حسن طوبار طويلاً بعد ذلك،
فمات في عام 1800،
لتنشر جريدة "كورييه ديلجبت" نبأ وفاته في العدد 75 بتاريخ 28 يوليو تموز 1800،
وكتبت عنه ما يلي:
"مات فجأة حسن طوبار كبير مشايخ إقليم المنزلة مصاباً بالسكتة القلبية، وكان هذا الرجل عظيم المكانة لأصله العريق وغناه الواسع، وقد هاجر من بلاده في الأشهر الأولى من الحملة وعاد إليها بعد الزحف على سوريا، وأذن له الجنرال بونابرت في الرجوع إلى مصر، فأذعن من يومئذ وأخلد للسكون، وقد خلفه في شياخة إقليم المنزلة أخوه شلبي طوبار"